Санкт-Петербургский университет гражданской авиации определен базовым вузом учебно-методического объединения по образованию в области аэронавигации, главной целью которого является координация действий научно-педагогической общественности учебных заведений, представителей предприятий, учреждений и организаций по обеспечению высокого качества высшего профессионального образования.

В университете функционируют 2 филиала (Бугуруслане, Красноярск), два представительства (Иркутске, Миниральные Водах), три института, одинадцать факультетов, 36 кафедр, аспирантура и докторантура, учебно-летный отряд, НТЦ (научно технический центр, включающий НИС); тренажерный центр (ОЛШТ, ОДТ), библиотека, учебно - научный информационно-издательский центр и ряд других подразделений, необходимых для успешного функционирования современного вуза.

В Университете проходят обучение шесть с половиной тысяч студентов различных форм обучения по 12 специальностям и 20 специализациям, в том числе более 500 иностранных граждан из 25 стран мира. Ежемесячно до 300 человек повышают квалификацию и проходят переподготовку в системе дополнительного профессионального образования.